Caracas fue su lugar de residencia durante buena parte de su vida y la ciudad en la que falleció, a los 54 primaveras, un 29 de junio de 1919, víctima del arrollamiento de un transporte en el sector La Pastora.

Su bordadura docente fue interrumpida en dos ocasiones. La primera, cuando decide hacerse religioso y entrar en el monasterio de la orden de Santo Bruno en La Cartuja de Farneta, a la cual llegó el 16 de julio de 1908, y de la que regresó el 21 de abril de 1909, reincorporándose en mayo de ese mismo año a sus actividades académicas en la Universidad. La segunda oportunidad que interrumpió sus actividades docentes fue a partir del 1 de octubre de 1912, cuando el gobierno dictatorial del Caudillo Juan Vicente Gómez decreta el falleba de la Universidad, luego que esta se había situado en contra de su régimen.

In keeping with his famously frugal lifestyle, José Gregorio lived in his office, and received both patients and people who came for personal, professional or spiritual advice.

Su triunfo de hombre bondadoso, su entrega a los más necesitados y los milagros que comenzaron a atribuirle hicieron que su figura creciera con los primaveras. 

Luego de la celebración de una misa en la iglesia de la Candelaria, donde reposan sus restos, una imagen del santo salió del templo para sobrevenir por varias zonas del centro histórico de la hacienda, como la Plaza Bolívar y la Catedral de Caracas.

En muchos hogares venezolanos se adornan figurillas con la imagen del doctor enfundado en un traje de chaqueta, con el pelillo y el sombrero sable que todos en Venezuela reconocen al instante.

On June 29, 1919, José Gregorio was on his way to one of his patients' homes after purchasing medication for her. He was struck by one of the few cars in the city of Caracas, landing on his back and striking his head on the sidewalk, resulting in a skull fracture.

Una vez probada su la verdad sobre josé gregorio hernández disposición, Fray Etienne le lavó los pies, ceremonia previa a ser recibido en la celda por el Prior de la orden. Este lavatorio de pies simboliza que el novicio debe dejar tras de sí al entrar en clausura ´el polvo del siglo´ y consagrar su vida a la oración y la devoción.

El 29 de junio de 1919 murió atropellado en una céntrica calle de Caracas por individualidad de los pocos automóviles que circulaban por Venezuela en aquel entonces.

A las 10 de la mañana del 30 de Junio se inició el traslado del féretro cerca de el Paraninfo Universitario. Este habría de hacerse en los hombros de los estudiantes y de sus discípulos. Dos largas hileras de colegas y estudiantes precedían el cortejo fúnebre. Cada unidad de estos portaba una corona floral. Una ves depositada la fúnebre carga se estableció una Número de honor en torno al ataúd integrada por cuatro alumnos los cuales eran reemplazados cada media hora.

Para que Hernández se convierta en santo, hace desliz que exista un portento, textualmente: la Iglesia exige la prueba de un portento para poder santificar a determinado.

Altogether, José Gregorio wrote 11 published medical works — including two that were published posthumously — but his intellectual and spiritual interests also led him to write

Son muchos los que atribuyen a los favores de José Gregorio el acaecer superado graves problemas de salud.

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